Repozytorium
Wyszukaj
Kolekcje
Inne
Opis oddziaływań niekowalencyjnych wybranych penicylin metodami chemii obliczeniowej = Non-covalent interactions description of selected penicillins in the framework of computational chemistry
Autorzy
Rok wydania
2024
Czasopismo
Numer woluminu
73
Strony
66-72
DOI
10.15199/5.2024.1.5
Kolekcja
Język
Polski
Typ publikacji
Artykuł
Intra- and intermolecular non-covalent interactions play an important role in modern design of biologically active compounds. In the paper, we discuss the physicochemical features of three selected compounds from penicillin group – Oxacillin, Ampicillin and Penicillin G. Quantum-chemical simulations on the basis of Density Functional Theory (DFT) were carried out for these compounds. The analyses were performed for selected metric parameters as well as electronic structure (QTAIM and NCI index) of the fused rings and the whole molecules. The simulations were done in the gas phase and taking into account the influence of the polar environment – CPCM model and water as a solvent. The last part of the study is devoted to the non-covalent interactions analysis in the binding site of the penicillins. The presented results are in line with the Computer-Aided Drug Design (CADD) philosophy.
Oddziaływania niekowalencyjne wewnątrz- i międzycząsteczkowe mają kluczowe znaczenie w nowoczesnym projektowaniu związków aktywnych biologicznie. W artykule omawiamy właściwości fizykochemiczne trzech wybranych związków z grupy penicylin - oksacyliny, ampicyliny i penicyliny G. Dla tych związków zostały wykonane symulacje kwantowo-chemiczne wykorzystując teorię funkcjonału gęstości (DFT). Analizowane były wybrane parametry metryczne, jak również struktura elektronowa (teoria QTAIM i indeks NCI) skondensowanych pierścieni, jak i całych cząsteczek. Symulacje zostały wykonane w fazie gazowej, jak również z uwzględnieniem polaryzacji otoczenia – model CPCM i wody jako rozpuszczalnika. Ostatni fragment badań stanowi analiza oddziaływań niekowalencyjnych pomiędzy opisywanymi penicylinami a ich miejscem wiążącym. Przedstawione wyniki badań wpisują się w założenia komputerowo wspomaganego projektowania leków.
Słowa kluczowe
CADD, penicillins, noncovalent interactions, DFT, QTAIM, NCI
CADD, penicyliny, oddziaływania niekowalencyjne, DFT, QTAIM, NCI
Adres publiczny
Podobne publikacje
Właściwosci kwasu salicylowego i jego wybranych pochodnych w świetle metod modelowania molekularnego = Properties of salicylic acid and its selected derivatives in the light of molecular modeling methods
Kaczmarek Anna, Kizior Beata, Zierkiewicz Wiktor, Jezierska Aneta
Static and Dynamical Quantum Studies of CX3-AlX2 and CSiX3-BX2 (X = F, Cl, Br) Complexes with Hydrocyanic Acid: Unusual Behavior of Strong π-Hole at Triel Center
Michalczyk Mariusz, Wojtkowiak Kamil, Panek Jarosław J., Jezierska Aneta, Zierkiewicz Wiktor
Unprecedented coordination mode variation of group 13 metal–alkyl compounds derived from methyl thiosalicylate.
Lewiński Janusz, Bury Wojciech, Kopeć Tomasz, Tratkiewicz Ewa, Justyniak Iwona, Lipkowski Janusz